平时的公文兵册，逞己功劳等，只准小军交小旗，小旗交总旗，总旗交百户，百户交千户。不许蓦越直接交到上司手中，需安于自己的属下身份，如有违抗者，要交以军法重治。

除了军礼外，就是军纪了。

戚家军的军纪极严，戚继光当年就说：“……兵是杀贼的东西，贼是杀百姓的东西，百姓们岂不是要你们的杀贼？设使你们果肯杀贼，守军法，不扰害他，如何不奉承你们？只是你们到个地方，百姓不过怕贼抢掳，你们也曾抢掳。百姓怕贼焚毁，你们也曾折毁。百姓怕贼杀；你们若争起也曾杀他，他这百姓如何不避，如何不关门锁户？且如去年，我往台州，因是众人家兵难制，沿路百姓固也受害，兵们宿无处，炊无处，又被百姓告来拿著的，挨累官哨队长打死了多少。如今年，我自己的兵，宿有程头，火兵先定歇处，挨次而入，起行依号，扎营点步鼓，挨次而行，经过百姓们闻说到，杀猪牛，贩酒米等待……”

正因为戚继光治军极严，所以戚家军所到之处，非常受到百姓的欢迎，每到一处，百姓们都是杀猪宰羊，夹道欢迎，成为中国几千年历史上，唯有的三只，与岳家军，还有后世一只军队并列的仁义之师，威武之师。戚继光也成为民族英雄，几百年来，一直受到世人的尊崇。

对于戚继光，黄来福是又尊敬，又佩服，又眼热。他规定，五寨堡旗军平时不得恃强凌弱，酗酒忿争，喧骤无礼，蹂取人果稼，作践人庐器。犯了以上几点的，分别处以十军棍到五十军棍不等。

对于上面的惩处，戚家军还有贯耳游营的处罚，黄来福最后还是改为了打军棍，也不知道自己的做法是进步了还是落后了。

对于奸淫汉人妇女，偷盗他人财物者，不用说，斩首示众。以上有犯，但系同伙同旗之人有一举首，余皆免罪。首者行赏，若互相容隐，同旗之军俱以军法连坐。

除了这几条军纪军规外，黄来福还规定，军中严厉禁止争殴。

两方军士两殴，不论曲直，捆了就打，然后查其所由加治。若是军士与别个百户的军官对打，不论曲直，先捆了，治其个卑者不守本分之罪，然后另剖曲直。若是同个百户中，军士们与上官对打，或是小旗，总旗与百户对打，不论曲直，以殴父母论，交行军法从事。

平时军中还严禁喧哗，每遇什么行动，自有旗帜金鼓。没有命令开口说话，要严厉重处，尤其是夜间，更是切禁喧哗。

五寨堡军中禁止赌博，有违者严厉重处。

五寨堡军中严禁讹言诳惑，灾详祸福，摇动众心，有违者严厉重处。

五寨堡凡军士，途遇文武大小官，俱下马让道。若在营中操练，奉金鼓号令者，一惟号令是听，不必回避。

五寨堡军士，应有的兵器，应该随身携带，平时要勤加保养。虽一弓一箭，须书各旗之上，如有遗失，轻则扣廪粮处办，重则解送军法重治。

五寨堡军士中，对于马队的家丁们，平时自己马上的鞍辔等物，每一个月需点验一次，如有遗失，轻则扣廪粮处办，重则解送军法重治。

除了这些外，五寨堡还有一些立逃约，分军饷，稽功过等规定。